كتاب الأقباط في مصر في العصر العثماني هو في الأصل رسالة علمية حصل بها صاحبها محمد عفيفي على الدكتوراه. تنقسم هذه الدراسة إلى مقدمة وخمسة فصول. استعرض الباحث في المقدمة تطور الأوضاع العامة للأقباط في مصر منذ الفتح العربي إلى بداية العصر العثماني. وتحولهم من أغلبية إلى أقلية، وتطبيق عهد الذمة عليهم. وفي الفصل الأول اهتم المؤلف برسم صورة لطبيعة العلاقة بين الدولة والأقباط، متتبعاً مظاهر هذه العلاقة، مع الاهتمام بدراسة دور الدولة كحكم بين الرعية لا سيما في أوقات الفتن الطائفية. واستعرض المؤلف في الفصل الثاني دور الأقباط في الإدارة المالية، ذلك الدور الهام الذي برع فيه الأقباط منذ دخول الإسلام مصر. وخصّص الفصل الثالث لدراسة النشاط الاقتصادي للأقباط في شتى صوره وانتهت الدراسة إلى أن الاقتصاد لا يعرف الحساسيات بين أتباع الديانات المختلفة. واستعرض في الفصل الرابع الحياة الاجتماعية للأقباط مع الاهتمام بمظاهر الخصوصية القبطية مثل دراسة حارات النصارى، والأحوال الشخصية للأقباط، والمؤثرات الإسلامية عليها، إلى جانب دراسة الثقافة والتعليم عند الأقباط. وخصّص الفصل الأخير لدراسة الكنيسة القبطية كمؤسسة دينية، والتعرف على طبيعة سير الأمور بها، وصناعة القرار والقوى المؤثرة فيه، والعلاقات الخارجية للكنيسة. تتميز هذه الدراسة باعتمادها على الوثائق والمخطوطات القبطية المحفوظة بالبطريركية القديمة فضلا عن مخطوطات وثائق المتحف القبطي بمصر القديمة، ومخطوطات دير الفرنسيسكان بالقاهرة، ووثائق المحاكم الشرعية بالقاهرة والأقاليم.
